對于水質檢測儀來說有一些數據不論現場檢測，還是在實驗室進行檢測時都獲取不到的，比如飲用水水質微生物的檢測，想要得到它們的數據，如果依靠水質檢測儀是無法得到數據的，而且想知道飲用水中具體每一種的微生物類型，就必須使用別的一些相應的檢測方法。
（1）回收和濃縮，（2）純化和分離，以及（3）測定和表征。在大多數情況下水里的微生物濃度很低，因此實際檢測需要初始化從水中濃縮或濃縮的步驟。因為病原體的許多濃縮和回收程序也能夠在水樣中得到其他成分，因此需要進行純化，將不需要的物質分離。但此時的濃縮樣品的體積通常仍然太大，還達不到分析的標準，因此需要額外的濃縮步驟和純化。
微生物的物理化學性質對于回收也有要影響。比如形狀的大小會影響回收的物理方法，如過濾沉淀和浮選。微生物的表面性質，如它們的親水性，滲透性和化學反應性會影響化學分離。大多數微生物在中性pH下是親水的和帶負電荷的，但是大多數微生物也有疏水性，并且它們具有疏水和親水結構域。一些微生物具有穩(wěn)定階段或形式。一些細菌也具有影響物理化學行為的其他特征，例如外多糖層（膠囊）和附屬物，例如鞭毛和皮毛（fimbrae）。在回收和濃縮微生物的方法中，必須考慮這些多種多樣的物理和化學性質。
水分析的典型的MF方法是通過使已知體積的水通過孔徑足夠小以消除細菌細胞（通常為0.45μm）的無菌膜過濾器來進行的。然后將過濾器無菌地轉移到瓊脂板的表面或用合適的選擇性培養(yǎng)基飽和的吸收墊。允許在過濾器的表面上發(fā)育，并且可以直接計數和檢查。MF方法快速且易于執(zhí)行，需要很少的孵化器空間，并且可以處理非常大量的水。在過去30年中它們已經成為用于指示生物的水的微生物檢查的首選方法。
雖然微生物水分析的大多數人仍然依賴于傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法和MF方法。但獲得結果所需的時間比較長，對于一些特定的微生物我們可以使用一些快速分析法，比如利用定量PCR（QPCR）技術的方法可以快速檢測指示生物如大腸桿菌，和特定病原體，尤其是在MF分析法相結合時是快速有效的手段，但檢測一些沒有活性細胞時數據會偏高
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